Главный его труд — «Пермская летопись» в 7 томах, за которую В. Н. Шишонко получил Большую серебряную медаль на Екатеринбургской научно-промышленной выставке (1887). Писатель Д. Н. Мамин-Сибиряк называл В. Н. Шишонко «пермским Нестором летописцем».
--------------------------
Булыгина М. В. Становление системы светского образования в Зауралье в конце ХVIII—ХIХ вв. // Образование и наука. — 2007. — № 3. — С. 81—88.
Рябухина В. И. Светотени в образах уральских краеведов у писателя Д. Н. Мамина-Сибиряка // Третьи Чупинские краеведческие чтения : материалы конф. (Екатеринбург, 16—17 февр. 2006). — Екатеринбург, 2006. — С. 171—177.
Апкаримова Е. Ю. Шишонко Василий Никифорович (1831—1889) // Историки Урала XVIII—XX вв. — Екатеринбург, 2003. — С. 424—425 : портр.
Пирогова Е. П. Шишонко Василий Никифорович (1831—1889) // Календарь знаменательных и памятных дат / СОУНБ. — Екатеринбург, 2000. — С. 97—100.
Пикулева С. В. Шишонко Василий Никифорович // Уральская историческая энциклопедия. — Екатеринбург, 2000. — С. 615.
Василий Никифорович Шишонко // Летопись Прикамья / Перм. обл. гос. б-ка им. А. М. Горького. — Пермь, 1997. — Ч.1 : 1324—1917. — С. 68—70. — [В тексте дата рождения 14(2).08.1831].
